โรงเรียนมัธยมปัญญารัตน์ เป็นโรงเรียนที่มีการจัดการเรียนการสอนในระดับมัธยมศึกษาตอนต้น (ม.1 – ม.3) ตามหลักสูตรกระทรวงศึกษาธิการ เป็นภาษาอังกฤษ (English Program) มีจุดมุ่งหมายที่จะดำเนินหลักสูตรตามวัตถุประสงค์ และแนวทางของกระทรวงศึกษาธิการ โดยจะมุ่งเน้นความรู้และทักษะของวิชาการด้านวิชาคณิตศาสตร์ และวิทยาศาสตร์ ตลอดจนงานวิจัยและพัฒนา นอกจากนี้โรงเรียนยังมีแผนในการขยายการศึกษาถึงระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย (Senior High School) ชั้น ม.4 -ม.6 ในระยะเวลาอันใกล้โรงเรียนมัธยมปัญญารัตน์ เปิดโอกาสทางการศึกษาให้กับนักเรียนทุกคนโดยไม่คำนึงถึงฐานะทางเศรษฐกิจและสังคมส่วนบุคคล มุ่งเน้นในความเป็นเลิศทางวิชาการ โดยเฉพาะทักษะทางภาษาอังกฤษ วิทยาศาสตร์ คณิตศาสตร์ และระบบสารสนเทศ มีความพากเพียรในการพัฒนาตนเองทั้งด้านวิชาการและการดำเนินชีวิต โดยให้สอดคล้องกับวัฒนธรรมอันดีของสังคม อีกทั้งปลูกจิตสำนึกให้มีคุณธรรม จริยธรรม ความรับผิดชอบต่อตนเอง ต่อครอบครัว และต่อสังคมประเทศและสังคมโลก